เขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่าคลองเครือหวายเฉลิมพระเกียรติ ตั้งอยู่ในบริเวณที่ดินป่าโป่งน้ำร้อน ป่าปัถวี ป่าตกพรม ในท้องที่ตำบลคลองใหญ่ ตำบลทับไทร อำเภอโป่งน้ำร้อน ตำบลปัถวี อำเภอมะขาม ตำบลบ่อเวฬุ อำเภอขลุง จังหวัดจันทบุรี มีพื้นที่ประมาณ 165,796 ไร่
ลักษณะภูมิประเทศของเขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่าคลองเครือหวายเฉลิมพระเกียรติ ประกอบด้วยภูเขาสูงชัน สลับซับซ้อน มีความสูงจากระดับน้ำทะเลระหว่าง 200 - 954 เมตร จึงเป็นแหล่งต้นน้ำลำธาร ลำห้วย ลำคลอง หลายสาย เช่น คลองตาชัน คลองตาคง คลองเครือหวาย คลองโป่งน้ำร้อนและคลองทับไทร ซึ่งต่อมาได้สร้างอ่างเก็บน้ำขึ้นในพื้นที่ คือ อ่างเก็บน้ำคีรีธาร ซึ่งมีพื้นที่รับน้ำทั้งหมด 76,000,000 ลูกบาศก์เมตร ซึ่งใช้ประโยชน์ทั้งในด้านการผลิตไฟฟ้าและการเก็บกักน้ำไว้ใช้สำหรับการเกษตรในฤดูแล้ง พื้นที่บางส่วนเป็นที่ราบโดยเฉพาะตามบริเวณหุบเขา พื้นที่ดังกล่าวจึงมีความล่อแหลมในการถูกบุกรุกทำลายเพื่อทำสวนผลไม้
1. ป่าดิบชื้น
2. ป่าดิบแล้ง
1. สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม เช่น เก้ง กวางป่า กระจง หมูหริ่ง หมาหริ่ง พังพอน หมีคน หมีควาย เม่น ชะนี ค่าง ลิงลม อีเห็น เสือโคร่ง เสือดาว เม่นใหญ่ เม่นหางพวง และลิงกัง เป็นต้น
2. สัตว์ปีกหรือนก เช่น เหยี่ยวภูเขา นกกระทาดงแข้งเขียว นกแขกเต้า นกหกเล็กปากแดง นกกระปูด นกขุนแผน นกตะขาบทุ่ง นกกางเขนบ้าน นกกางเขนดง นกขมิ้น นกเขาเขียวนกเขียวก้านตอง นกเอี้ยง นกตีทอง นกกะรางหัวหงอก นกขุนทอง นกปรอดทอง นกปรอดโขนเคราแดง นกหัวขวาน และนกเขียวคราม เป็นต้น
3. สัตว์เลื้อยคลาน เช่น ตุ๊กแกบ้าน กิ้งก่าหัวแดง จิ้งเหลนหลากลาย จิ้งเหลนบ้าน เหี้ย ตะกวด งูสิง งูเห่า งูจงอาง งูกะปะ และงูเขียวหางไหม้ท้องเหลือง เป็นต้น
4. สัตว์ครึ่งบกครึ่งน้ำ เช่น เขียดหลังปุ่มที่ราบ เขียดหนอง กบแรด กบหงอน เขียดอ่อง และอึ่งอ่างบ้าน