ปี พ.ศ. 2295 สมัยของบาทหลวงเดอกัวนาเป็นเจ้าอาวาส ได้รวบรวมชาวคาทอลิกที่กระจัดกระจายให้มาอยู่รวมกันที่เดิม และรวมตัวกันสร้างวัดหลังที่ 2 ขึ้นด้วยไม้กระดานเก่า ๆ ประกอบด้วยไม้ไผ่ หลังคามุงด้วยใบตาล
ปี พ.ศ. 2377 บาทหลวงมัทเทียโดและบาทหลวงเคลมังโช่ ได้ช่วยกันสร้างวัดหลังที่ 3 ขึ้นที่ฝั่งซ้าย โดยย้ายข้ามมาอยู่ฝั่งตะวันออกของแม่น้ำจันทบุรี ซึ่งเป็นบริเวณที่วัดปัจจุบันตั้งอยู่ วัดนี้เป็นเพียงวัดเล็ก ๆ สร้างด้วยไม้กระดานเก่า ๆ และไม้ไผ่ ในขณะนั้นมีสัตบุรุษประมาณ 1,000 คน
ปี พ.ศ. 2381 บาทหลวงรังแฟงได้รับการแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาส เป็นระยะเวลาที่ชุมชนคาทอลิกเติบโตขึ้นมาก จึงได้เริ่มก่อสร้างวัดหลังที่ 4 ขึ้น โดยมีสัตบุรุษได้ร่วมแรงร่วมใจและร่วมบริจาคทรัพย์ วัดหลังนี้มีลักษณะถาวรมากขึ้น มีการใช้อิฐ หิน และปูนในการก่อสร้างในขณะนั้นมีสัตบุรุษ 1,500 คน
ปี พ.ศ. 2443 บาทหลวงเปรีกาล ชาวฝรั่งเศส เป็นเจ้าอาวาส ได้สร้างวัดหลังที่ 5 ซึ่งเป็นวัดหลังปัจจุบัน โดยใช้สถาปัตยกรรมแบบตะวันตก ที่เรียกว่า "ศิลปะแบบโกธิค" มีความกว้าง 20 เมตร และยาว 60 เมตร มียอดแหลมของหอทั้งสองข้าง แต่เมื่อ พ.ศ. 2483 ไทยเกิดมีกรณีพิพาทอินโดจีน จึงต้องเอายอดแหลมของหอทั้งสองออก ต่อมาทางการสั่งให้รื้อออก เพราะเกรงว่าจะเป็นเป้าของระเบิดทางอากาศในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2 หอสูงด้านขวามีนาฬิกาเรือนใหญ่ติดตั้งอยู่ เส้นรอบหน้าปัดวัดได้ 4.70 เมตร จากหอสูงนี้สามารถมองเห็นทัศนียภาพของเมืองจันทบุรีได้ไกลประมาณ 2 กิโลเมตร แต่สิ่งที่ทำให้โบสถ์หลังนี้มีความงดงามอีกอย่างหนึ่ง คือ การประดับกระจกสีเป็นภาพนักบุญทั้งหมด นับว่าเป็นสิ่งสวยงามล้ำค่าทั้งทางศิลปะและโบราณวัตถุควรค่าแก่การอนุรักษ์สืบไป
ตั้งอยู่ที่ 110 หมู่ 5 ต.จันทนิมิต อ.เมือง จ.จันทบุรี มีแม่น้ำจันทบุรีไหลผ่านบริเวณด้านหน้า ทางทิศเหนือของโบสถ์มีอาคารใช้ประกอบกิจกรรมของวัดได้แก่ อาคารสันติสุข (ศาลาพักศพ) เนิร์สเซอรี่ "ยอแซฟพิทักษ์" และหอประชุมนิรมล ทางด้านทิศใต้มีบ้านพักพระสงฆ์ ถ้ำจำลองแม่พระเมืองลูร์ด อาคารแพร่ธรรม โรงเรียนสตรีมารดาพิพักษ์ และศูนย์กลางภคินีรักไม้กางเขน อยู่ภายใต้การดูแลของพระสังฆราช และคณะสงฆ์สังฆมณฑลจันทบุรี มีเจ้าอาวาสที่เคยปกครองวัดนี้มามากกว่า 20 องค์
ปัจจุบันโบสถ์วัดคาทอลิกจันทบุรีได้รับการยกย่องว่าเป็นโบสถ์วัดคาทอลิกที่เก่าและงดงามที่สุดในประเทศไทย
เวลาทำการ : เปิดให้เข้าชมทุกวัน เวลา 8.30 - 16.30 น.
ค่าธรรมเนียมเข้าชม : ไม่เสียค่าธรรมเนียม – ค่าเข้าชม